Muchas veces me pregunte como usar putty desde la linea de comandos y tiré como en los comandos en DOS putty.exe /? o /h sin ningun exito. Era tan facil como buscar en el google "putty command line" para que me lleve al capitulo 3.7 donde nos da ejemplos de como ejecutar putty desde la linea de comando.
Por el momento lo que necesitaba era loguearme con un determinado usuario mediante llave (para evitar teclear la pass) donde puse en el archivo .bashrc del usuario los comandos que necesito ejecutar y al final un exit para que salga. El comando fué
putty.exe -load "session name"
donde previamente había configurado esa "session name" para autologueo mediante llave.
Fuente de referencia: Wiki Mikrotik
De esta forma nos ahorramos el trabajo de modificar el .bashrc
Editado:
Mientras seguía leyendo la documentación de putty me encontré con la utilidad plink.exe. Con esta utilidad podemos ejecutar un comando para que se ejecute en el servidor remoto por ejemplo
plink -load "session name" "/script/scriptXXX.sh"
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